Joon Molles, die de scheepstimmerwerf met huizen voor fl. 1.326,- had overgenomen, ging al vroeg over op ijzerbouw. Voor de bouw van de ijzeren roefschepen was wel meer ruimte nodig. Joon Molles kocht in 1896 hiervoor er een bouwterrein bij voor fl. 161,-. De eerste registratie van een ijzeren schip dateert van 1897 en na 1900 werden er vrijwel alleen nog maar ijzeren en stalen schepen gebouwd.
Hieronder bevonde zich 28 roefschepen, waarvan er nog enkele varen. In 1908 bouwde Joon Molles de ‘Zeldenrust’ [L 1138 N], in een verhouding 4,65:1 (16,50x3,55 m), voor Ealze Jans Brouwer uit Drachten. Dit mooi gelijnde schip werd in 1982 door skûtsjekenner Simon van der Meulen uit Wartena als woonarkje teruggevonden in Makkum. Nadat de houten opbouw eraf was gesloopt, was er weinig van de romp over. Maar Van der Meulen erkende de mooie lijn van het schip en begon aan een grootscheepse restauratie. Het achterschip, boeisel, stuiten en dekken werden in 1984 vakkundig met oog voor originaliteit hersteld.
Zelfs in de winter 1985-1986 werd er tijden de elfstedentocht doorgewerkt. In juli van dat jaar kon de mast weer omhoog. Van der Meulen gaf het skûtsje zijn originele naam weer terug, ‘Zeldenrust’. Het was weer een schitterend schip geworden, waar in in de IFKS veel wedstrijden mee zijn gezeild. Van der Meulen werd met dit skûtsje in 1988 en 1989 kampioen in de omstreden Nederlandse Kampioenschappen Skûtsjesilen (NKS).
Joon Molles vertrok in 1911 naar Harlingen om daar de werf ‘Welgelegen’, voorheen van Anne Adamus Alta, nieuw leven in te blazen. Hij vroeg in 1910 een hinderwetvergunning aan voor het oprichten van een scheepsmakerij voor ijzeren vaartuigen.
In verband met de benodigde geldmiddelen voor de financiering van dat project, verkocht Joon Molles van der Werf de bezittingen in Kootstertille in 1911 voor fl. 3.700,- aan Foppe Roels Veenstra. Hij was een gewezen landbouwer/veehouder te Kooten en de schoonvader van Molle Joons (*05-02-1882 te Kooten - †15-06-1943 te Akkrum), de oudste zoon van Joon Molles.
Molle Joons bleef de werf in Kootstertille exploiteren. Waarschijnlijk was de investering van schoonvader Veenstra in 1911 bedoeld geweest om de mogelijkheid te scheppen dat zijn schoonzoon Molle Joons de werf in Kootstertille zou kunnen voortzetten. Deze bereidheid om geld in de werf te beleggen luwde na het overlijden van Molle Joons vrouw Hinke Foppes Veenstra in 1915 en zijn hertrouwen in 1917. Molle Joons bouwde in de tijd dat hij werfbaas was vijf roefschepen, waarvan de ‘Twee Gebroeders’ [L 1305 N], nu als ‘Eelkje I’, als museumstuk in Allingawier bij de Stichting Aldsfears Erf Route ligt. Dit schip werd in 1912 met een lengte van 15,58 en een breedte van 3,37 m gebouwd.
Joon Molles was inmiddels weer in Kootstertille komen wonen na een debacle met zijn werf in Harlingen. Hij kocht op 14 mei 1918 zijn daar vroegere onroerend goed weer terug van Foppes Roels Veenstra voor de prijs van fl. 3.000,-. Hij wilde kennelijk niet meer naast de werf wonen, want hij kocht in december van Bartholomeus Schuurer een woning en erf in het dorp. Zijn zoon Molle Joons vertrok een jaar later met zijn gezin naar Drachten, om vandaar naar Leeuwarden te verhuizen. Daar vestigde hij zich op de werf aan ’t Vliet bij de Poppebrug.
Joon Molles zal de werf nog drie jaar runnen om het op 14 april 1921 aan zijn zoon Harm Joons van der Werf (*09-03-1894 te Kooten - †30-05-1939 te Rolde), monteur te Groningen, te verkopen. Joon Molles bouwde in deze periode geen skûtsjes meer. Harm Joons verkocht de werf op zijn beurt op 11 februari 1926 voor fl. 2.510,-. Daarna werd het areaal als landbouwgrond gebruikt en deed nog dienst als opslagterrein voor de gemeente. Na 1945 werd de schuur gebruikt door jachtbouwer Miedema en later door waterbouwbedrijf Deltabouw uit Holwerd. Tegenwoordig is de grond en opstallen in eigendom van Van Santen. Deze vestigde er het gelijknamige Scheepsvaartbedrijf, dat gespecialiseerd is op het gebied van sleep- en bergingswerkzaamheden.